Jeszcze większe sukcesy Basuki odniosła w grze podwójnej. W lipcu 1998 została sklasyfikowana na 9. miejscu na świecie w deblu. Najlepszą parę tworzyła z Holenderką Caroline Vis, z którą wygrała cztery turnieje (dodatkowo cztery finały), w tym Canadian Open w 1997, oraz trzy razy kwalifikowała się do turnieju Masters (1996, 1997, 1998). W 1998 Basuki i Vis osiągnęły półfinał Masters, eliminując najwyżej rozstawione Martinę Hingis i Janę Novotną. Łącznie Basuki wygrała dziewięć turniejów deblowych i zaliczyła osiem dalszych finałów. Karierę przerwała w 1999 po urodzeniu dziecka. Powróciła do rywalizacji w 2000 i odniosła jeszcze kilka sukcesów (głównie deblowych), a ostatecznie zakończyła karierę sportową na początku 2004. Jej zawodowe zarobki na korcie przekroczyły półtora miliona dolarów.
Yayuk Basuki była obok Japonek Kimiko Date i Naoko Sawamatsu czołową tenisistką azjatycką w połowie lat 90. Sezony 1991–1998 regularnie kończyła w czołowej pięćdziesiątce na świecie. Niewysoka (164 cm), praworęczna, bekhend grała jedną ręką i preferowała styl ofensywny, dzięki czemu mogła liczyć na sukcesy na szybkich nawierzchniach. Na wimbledońskiej trawie poza ćwierćfinałem w 1997 cztery razy dochodziła do 1/8 finału i trzy razy do 1/16 finału.