Niektóre kobiety mają na głowach korony. Kosmologiczna – zawiera więcej diagramów kołowych, które są jednak niewyraźne i niezrozumiałe. W tej sekcji również znajdują się rozkładane kartki. Jedna z nich składa się aż z sześciu stron i zawiera pewnego rodzaju mapy lub diagramy z dziewięcioma „wyspami” połączonymi groblami, zamkami oraz prawdopodobnie wulkanem. Farmaceutyczna – znajduje się w niej wiele podpisanych rysunków, przedstawiających oddzielne części roślin (korzenie, liście itp.), przedmioty podobne do słoików aptecznych, narysowane wzdłuż brzegu strony, a także tekst. Przypisy – zawierają wiele krótkich fragmentów tekstu. Każdy tekst oznaczony jest punktorem w kształcie kwiatu lub gwiazdy.
Historia thumb|upright|Michał Wojnicz Historia manuskryptu jest nadal pełna luk, szczególnie pod względem jego powstania.
Pierwszym udokumentowanym właścicielem manuskryptu był Georg Baresch, mało znany alchemik, który mieszkał w Pradze na początku XVII wieku. Najwidoczniej Baresch, tak jak współcześni badacze, był zaintrygowany tajemniczą księgą, która przez tyle lat „bezużytecznie zajmowała miejsce w jego bibliotece”.