Z drugiej strony język manuskryptu Wojnicza jest niepodobny do języków europejskich pod kilkoma względami. Po pierwsze, nie ma w nim praktycznie żadnych słów składających się z więcej niż dziesięciu znaków. Niewiele jest też słów jedno- lub dwuliterowych. Rozkład liter w słowie jest też specyficzny. Niektóre znaki występują tylko na początku słowa, inne tylko na końcu, a jeszcze inne zawsze w środku. Jest to fenomen spotykany w alfabetach semickich, a nie w łacinie czy cyrylicy (z wyjątkiem greckich liter beta i sigma).
Manuskrypt zawiera więcej powtórzeń niż typowe języki europejskie. Niekiedy to samo „słowo” pojawia się nawet trzy razy z rzędu. Również wyrazy, które różnią się tylko jedną literą, powtarzają się niezwykle często.
Słów, które przypominają pismo łacińskie, jest w manuskrypcie niewiele. Cztery linijki tekstu na ostatniej stronie, poza dwoma wyrazami, zostały napisane (nieco zniekształconymi) literami łacińskimi. Pismo przypomina europejskie z XV wieku, jednak słowa nie mają sensu w żadnym języku. Serie diagramów w sekcji astronomicznej zawierają nazwy dziesięciu miesięcy (od marca do grudnia) napisane alfabetem łacińskim z pisownią wskazującą na średniowieczne języki Francji lub Półwyspu Iberyjskiego.