Istnieją niezbite dowody, że w bliżej nieznanej przeszłości zmieniono kolejność stron.
Całość została napisana od lewej do prawej strony, z nieco nierównym prawym marginesem. Dłuższe ustępy podzielono na akapity, niekiedy z punktorami po lewej stronie, jednak w manuskrypcie nie ma wyraźnej interpunkcji. Dukt (czyli tempo, staranność i stopień nachylenia, z jakim litery zostały napisane) sugeruje, że skryba rozumiał, co pisze. Manuskrypt nie sprawia wrażenia, że litery miały być wymierzone przed naniesieniem ich na welin (różnią się nieco od siebie, co utrudnia odczyt komputerowy).
thumb|upright=1.1|Pismo manuskryptu Wojnicza Tekst składa się z ponad 170 tys. glifów, zazwyczaj oddzielonych wąskimi odstępami. Większość glifów została napisana przy pomocy jednego lub dwóch pociągnięć ręki. Mimo sporów dotyczących odrębności niektórych glifów, alfabet składa się z 20 lub 30 znaków i wystarczyłby do napisania praktycznie całego tekstu. Wyjątkiem jest kilkadziesiąt rzadkich znaków pojawiających się raz lub dwa.