Taksonomia Gatunek najpierw został opisany przez francuskiego zoologa Pierre’a-André Latreille’a w 1801 r. na podstawie okazu zebranego koło Charleston (Karolina Południowa). W tamtych czasach żółw został sklasyfikowany w rodzaju Testudo (gatunek został nazwany Testudo odorata). W 1825 r. John Edward Gray stworzył rodzaj Sternotherus, który obejmował gatunek żółwia wonnego i od tego został nazwany Sternotherus odoratus. Gatunek był ponownie opisywany w różnych latach przez wielu autorów, co prowadziło do dużej ilości błędów w jego taksonomii. Różnice pomiędzy żółwiami mułowymi a żółwiami wonnymi były przedmiotem debaty wielu pracowników naukowych, uważających ich za taki sam rodzaj – Kinosternon.
Status ochronny Chociaż żółw wonny nie otrzymał żadnego federacyjnego statusu w związku z ochroną przyrody w USA, to jest uznawany w stanie Iowa jako gatunek zagrożony. Gatunek ten od 2023 roku jest objęty załącznikiem II konwencji waszyngtońskiej (CITES) i aneksem B UE.