Popiera udział wojsk USA w operacjach pokojowych ONZ.
Sekretarz stanu 21 grudnia 2012 został nominowany przez prezydenta Baracka Obamę na stanowisko sekretarza stanu w miejsce Hillary Clinton, która ustąpiła z powodu choroby. 29 stycznia 2013 Senat zatwierdził jego nominację na sekretarza stanu i 1 lutego objął ten urząd. Sprawował go do 20 stycznia 2017, czyli końca urzędowania Baracka Obamy. Jego następcą został Rex Tillerson w administracji Donalda Trumpa.
Poza rządem Kerry wycofał się z pracy dyplomatycznej po zakończeniu administracji Obamy 20 stycznia 2017. Nie wziął udziału w inauguracji Donalda Trumpa, a następnego dnia wziął udział w Marszu Kobiet w Waszyngtonie. Sprzeciwiał się polityce Donalda Trumpa i podpisał się pod briefem przeciwko dekretowi 13769 zakazującemu wjazdu do Stanów Zjednoczonych osobom z siedmiu krajów muzułmańskich.
5 grudnia 2019 poparł kandydaturę Joego Bidena do nominacji Demokratów na prezydenta, mówiąc „Już pierwszego dnia będzie gotowy, by poskładać kraj i świat, które rozbił Donald Trump”