Szlachta rozjechała się do domów, nie angażując się w wyprawę wojenną organizowaną przez króla (magnaci twierdzili, że jedynym wynikiem rokoszu miało być wyjedzenie drobiu w okolicy obozu, stąd pogardliwa nazwa „wojna kokosza”).

W 1540 roku Bernard Pretwicz ujawnił Bonie zawiązanie domniemanego spisku przez Marcina Zborowskiego, popartego przez 700 przedstawicieli szlachty wielkopolskiej. Spiskowcy po śmierci Zygmunta I Starego mieli zebrać wojsko i zmusić Zygmunta II Augusta do zagwarantowania ich przywilejów oraz odebrania duchowieństwu trzeciej części jego uposażenia, przeznaczając ją na obronę. Zborowski wszystkiego się wyparł, a nieznani sprawcy ciężko poranili PretwiczaJulian Bukowski, Dzieje reformacyi w Polsce od wejścia jej do Polski aż do jej upadku. T. 1, Początki i terytoryalne rozprzestrzenienie się reformacyi, 1883, 288-289..

W czasach jego panowania sejm wydał w 1538 roku ustawę o przymusie wyzbycia się przez mieszczan posiadłości ziemskich, co spowodowało w konsekwencji zubożenie mieszczan.