Uniwersytet (studium generale) został założony w 1364 w Kazimierzu z fundacji Kazimierza III Wielkiego, i składał się początkowo z trzech wydziałów: sztuk wyzwolonych, medycyny i prawa. Był to drugi, po powstałym w 1348 Uniwersytecie w Pradze, uniwersytet założony w środkowej Europie. Reaktywowany około 1390 przez Jadwigę Andegaweńską. Oficjalnie odnowiony w 1400 w Krakowie przez Władysława II Jagiełłę z fundacji Jadwigi Andegaweńskiej, poszerzony o wydział teologiczny, utworzony dzięki zabiegom Jadwigi w 1397. W 1817 nadano mu nazwę „Jagielloński”, by podkreślić związki uniwersytetu z dynastią Jagiellonów.
W XV i na początku XVI w. Uniwersytet Krakowski przeżywał okres rozkwitu, jednak już w wieku XVI znalazł się w kryzysie, podupadł i stracił pozycję. Kryzys ten pogłębiał się w wieku XVII i XVIII. W 1777 Hugo Kołłątaj, występując jako wizytator Komisji Edukacji Narodowej, podjął próbę zreformowania i poprawy poziomu naukowego uczelni – wówczas Szkoły Głównej Koronnej. Reforma polegała na stworzeniu nowej struktury organizacyjnej, wprowadzeniu wykładów z literatury polskiej, nauk przyrodniczych, powstaniu obserwatorium astronomicznego, ogrodu botanicznego, klinik oraz pierwszych laboratoriów. Język polski został głównym językiem wykładowym, a profesorami zostali uczeni wykształceni za granicą w duchu filozofii oświecenia.