W lutym 2012 roku Almagro skutecznie obronił tytuł w São Paulo. W finale Hiszpan pokonał 6:3, 4:6, 6:4 Filippo Volandriego. Pod koniec tego samego miesiąca awansował do finału w Buenos Aires. Pojedynek o tytuł przegrał z Davidem Ferrerem. W maju zdołał obronić także tytuł w Nicei, gdzie w finale pokonał kwalifikanta Briana Bakera 6:3, 6:2. W lipcu przegrał finał turnieju w Båstad z Davidem Ferrerem. Hiszpan zagrał w sezonie także na igrzyskach olimpijskich w Londynie, dochodząc do ćwierćfinału gry pojedynczej.
Pierwszy finał, jaki Almagro osiągnął w 2013 roku miał miejsce w kwietniu w Houston. Pojedynek o tytuł przegrał jednak z Johnem Isnerem. W tym samym miesiącu tenisista hiszpański awansował również do finału w Barcelonie, gdzie został pokonany przez Rafaela Nadala.
Pierwszym finałem Hiszpana w sezonie 2014, tak jak przed rokiem, były zawody w Houston. W meczu mistrzowskim przegrał z Fernandem Verdasco 3:6, 6:7(4).
Na początku sierpnia 2015 roku Almagro wygrał po raz pierwszy w karierze turniej gry podwójnej, na ziemnym podłożu w Kitzbühel. Wspólnie z Carlosem Berlocqiem pokonał w finale parę Robin Haase–Henri Kontinen.