thumb|left|, Chiapas Największe rzeki i zbiorniki wodne w Meksyku znajdują się w środkowej części kraju. Lerma bierze swój początek w basenie Toluca, a następnie kieruje się na zachód, gdzie formuje największe naturalne jezioro kraju – Chapala. Z Chapali wypływa z kolei Santiago, która kieruje się na północny zachód poprzez Sierra Madre Zachodnią i wpada następnie do Pacyfiku. We wschodniej części Mesy Centralnej znajduje się grupa rzek Moctezuma-Pánuco, która wydrążyła głębokie wąwozy w masywach Sierra Madre Wschodniej, ich bieg kończy się w wodach Zatoki Meksykańskiej. Z dawniej charakterystycznych dla Mesy Centralnej licznych jezior ocalały jedynie niewielkie pozostałości, takie jak m.in. Pátzcuaro i Cuitzeo.
Z depresji Balsas odpływa rzeka o tej samej nazwie, z którą łączą się również mniejsze dopływy z Mesy Centralnej. Rzeka Balsas została w wielu miejscach przecięta zaporami wodnymi (rejon Sierra Madre Południowej), które stanowią ważne źródło energii elektrycznej. Na południowym wschodzie Usumacinta i Grijalva wypływają z wilgotnych wyżyn stanu Chiapas. Razem z rzeką Papaloapan (która wpada do Zatoki Meksykańskiej na południe od Veracruz) Usumacinta i Grijalva stanowią przeszło 40% systemu rzecznego Meksyku. thumb|Park Narodowy Północna część Meksyku ze swoim suchym klimatem jest uboga w duże cieki wodne.