W 1679 r. wybuchł pożar a zamek uległ częściowemu zniszczeniu, które po dwóch latach odbudowano. Równocześnie ruszyły roboty fortyfikacyjne wykonane pod kierunkiem generała von Waldeck. Jego obecność świadczy o przywiązaniu dużej wagi do twierdzy przez władze pruskie. W pierwszej fazie ograniczyły się one do postawienia wokół miasta drewnianego parkanu, a następnie w latach 1679–1698 zrealizowano system fortyfikacji bastionowych, którego projekt oparto na wzorcu z podręcznika napisanego przez Adama Freytaga. Od 1686 do 1714 tytuł gubernatora twierdzy Johannisburg nosił hrabia Rzeszy Carl Wilhelm Finck von Fincensten. 4 czerwca 1698 roku rozpoczął się w Piszu zjazd króla Polski Augusta II Mocnego oraz króla Prus Fryderyka III. Wtedy już twierdza była najprawdopodobniej ukończona.