400/99) zaaprobowała zmianę nazwy Wydziału Filozoficznego Towarzystwa Jezusowego w Krakowie na: Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna „Ignatianum” w Krakowie. Wspomniana Umowa podpisana 1 lipca 1999 r. przyjęła zmianę nazwy Uczelni i uznała osobowość prawną Ignatianum.
18 stycznia 2000 r. Minister Edukacji Narodowej stwierdził, że Ignatianum spełnia warunki do prowadzenia studiów magisterskich także na kierunku pedagogika. 8 grudnia 2000 r. Kongregacja do Spraw Wychowania Katolickiego erygowała w Ignatianum Wydział Pedagogiczny oraz zatwierdziła nowy statut całej Uczelni. Dekret Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego z 3 maja 2010 uprawomocnił i zatwierdził nowy Statut Uczelni.
Decyzją z 22 lutego 2010 r., Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów Naukowych, nadała uprawnienia Wydziałowi Pedagogicznemu „Ignatianum” w Krakowie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie – pedagogika.
Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna „Ignatianum” w Krakowie, wypełniając normy Ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. Nr. 164, poz. 1365, z późn. zm., art 3 ust. 5) spełniła warunek do posługiwania się nazwą – akademia. W związku z powyższym od 1 października 2011 r.