W Krakowie mieszczą się główne siedziby m.in.: Polskiej Akademii Umiejętności, Narodowego Centrum Nauki, Instytutu Nafty i Gazu – Państwowego Instytutu Badawczego, Instytutu Zootechniki – Państwowego Instytutu Badawczego, Krajowej Szkoły Sądownictwa i ProkuraturyKrajowa Szkoła Sądownictwa i Prokuratury., struktury dowodzącej Wojskami SpecjalnymiWojska Specjalne RP., Centrum Operacji Lądowych – Dowództwa Komponentu LądowegoDowództwo Operacyjne Rodzajów Sił Zbrojnych – Centrum Operacji Lądowych z nowym dowódcą., Polskiego Związku Narciarskiego, Operacyjno-Strategicznego Dowództwa Unii Europejskiej, Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATOCentrum Eksperckie Kontrwywiadu NATO w Krakowie uzyskało akredytację., Narodowego Centrum Radioterapii Hadronowej, Centralnego Ośrodka Turystyki Górskiej i Instytutu Ekspertyz Sądowych im. Prof. dra Jana Sehna.
W mieście od 1364 r. działa najstarsza polska uczelnia – Uniwersytet Jagielloński oraz działają placówki kulturalne o znaczeniu i statusie narodowym m.in.: Zamek Królewski na Wawelu, Narodowy Stary Teatr, Teatr im.