Zakończenie kariery Elke Clijsters zakończyła zawodową karierę we wrześniu 2004 roku, w wieku dziewiętnastu lat, za powód podając przewlekły uraz pleców. W tym czasie jej starsza siostra wygrywała kolejne turnieje i awansowała na pozycję liderki światowej klasyfikacji WTA.
Życie prywatne Elke Clijsters urodziła się w Bilzen w Belgii.
Jej rodzicami są Leo Clijsters, reprezentant Belgii w piłce nożnej oraz uczestnik mistrzostw świata w 1986 i 1990 roku (zm. 4 stycznia 2009 z powodu raka płuc), i jego żona, Els Vandecaetsbeek, gimnastyczka, wielokrotna mistrzyni Belgii. Małżeństwo to zakończyło się rozwodem wiosną 2005. Ma starszą siostrę, Kim Clijsters oraz młodszego przyrodniego brata ze strony matki, Zetha Goossens.
31 maja 2008 poślubiła w Bree Jelle’a Vam Damme, piłkarza RSC Anderlecht. W październiku 2009 urodził się syn pary, Cruz Leo Van Damme, a 24 listopada 2010 przyszła na świat ich córka, Cleo Van Damme.
12 lipca 2014 ogłoszono rozstanie pary. Małżeństwo zakończyło się rozwodem w 2016.