W kwietniu 2003 Clijsters dotarła do finału imprezy ITF w Torre del Greco we Włoszech; uległa w nim Raffaelli Bindi 4:6, 2:6. W sierpniu zagrała również w finale ITF w Koksijde, przegrała tam z Lenką Snajdrovą.
W kwietniu 2004 odniosła pierwsze karierowe zwycięstwo w zawodach Międzynarodowej Federacji Tenisowej. Dokonała tego w brytyjskim Bournemouth. Wygrała z rozstawioną z siódmym numerem Chantal Coombs, a w finale rozprawiła się z Melanie South 3:6, 6:1, 6:2. Mecze ćwierćfinałowe i półfinałowe jej rywalki oddały walkowerem. Tydzień później Clijsters awansowała do finału w Edynburgu, gdzie lepsza od niej okazała się Rosjanka Jekatierina Kożokina. Swój ostatni występ Belgijka odnotowała w maju 2004 w eliminacjach zawodów ITF w Surbiton. Przegrała tam w drugiej rundzie z Leanne Baker 2:6, 6:2, 4:6.
Gra podwójna Pierwszy sukces w grze podwójnej odniosła Clijsters w sierpniu 2000 roku, dochodząc do finału turnieju ITF w Westende w parze z Caroline Maes. W maju 2001 zadebiutowała w rozgrywkach WTA w Antwerpii z Maes, ale Belgijki przegrały spotkanie otwarcia z Jeleną Kostanić i Sylvią Plischke. We wrześniu 2001 razem z Jaslyn Hewitt sięgnęła po swój pierwszy zawodowy tytuł w Pétange.