Cypr, Rodos i Malta Po upadku Jerozolimy joannici przenieśli swój główny szpital do Akki, a siedzibę do Margat. Po zdobyciu Akki przez Mameluków i upadku Królestwa Jerozolimskiego w 1291 roku, zakon przeniósł się razem z templariuszami na Cypr. Po likwidacji zakonu templariuszy (1312 r.) papież przekazał większość ich dóbr i ziem joannitom, jednak nie wszystkie posiadłości udało im się przejąć. Nagły wzrost potęgi umożliwił joannitom pod wodzą bezwzględnego Fulko de Villareta zorganizowanie najazdu na wyspę Rodos, będącą formalnie pod władzą Bizancjum. Joannici zajęli i spacyfikowali całą wyspę i utworzyli na jej terenie sprawnie zarządzane państwo zakonne. Przyjęli też wówczas nazwę Kawalerów Rodyjskich. Rycerze przesiedli się z koni na okręty, a ich państwo stało się szybko potęgą morską, kontrolującą handel we wschodniej części Morza Śródziemnego; jego obecność była czynnikiem sprzyjającym wzrostowi zamożności włoskich miast-państw, zwłaszcza Wenecji.
W 1489 r. papież Innocenty VIII nakazał rozwiązanie kapituły Zakonu Kanoników Regularnych Grobu Bożego w Jerozolimie (bożogrobców) i przeniesienie całego jego majątku do zakonu joanitów.