Mimo poważnych kłopotów finansowych, które spowodowały wyprzedaż najlepszych piłkarzy i tym samym wypadnięcie Lazio z czołówki włoskiej ekstraklasy, Peruzzi występował w barwach tego zespołu przez siedem lat. Tam też – 19 lipca 2007 roku – w wieku trzydziestu siedmiu lat zakończył piłkarską karierę. Kilka tygodni wcześniej otrzymał trzecią już nagrodę dla najlepszego bramkarza ligi.
W reprezentacji Włoch zadebiutował w marcu 1995 roku, w spotkaniu eliminacji do Euro 1996 z Estonią. Pierwszym bramkarzem drużyny narodowej był w latach 1995–1997: grał we wszystkich trzech meczach Euro 1996 oraz w kwalifikacjach do mundialu 1998 (7 spotkań na 10). Jednak na mistrzostwa nie pojechał z powodu kontuzji mięśni. Kiedy po turnieju selekcjonerem został Dino Zoff starsi bramkarze (Peruzzi i Gianluca Pagliuca) musieli ustąpić miejsca młodszym – Gianluigiemu Buffonowi i Francesco Toldo. Peruzzi od tej pory w kadrze występował sporadycznie, nie zadowolony z roli rezerwowego odmówił Giovanniemu Trapattoniemu wyjazdu na mundial 2002. Dopiero kolejny trener kadry Marcello Lippi, który wcześniej prowadził Peruzziego w Juventusie, namówił go do powrotu do reprezentacji. Zawodnik Lazio wyjechał na mundial 2006 i – jako zmiennik Buffona – zdobył mistrzostwo świata.