Modyfikowane genetycznie bakterie są producentami, między innymi, insuliny (stosowanej jako lek w terapii cukrzycy).

Historia bakteriologii mały|Antoni van Leeuwenhoek był pierwszym mikrobiologiem, który przy pomocy własnoręcznie wykonanego mikroskopu zaobserwował bakterie

Pierwsza obserwacja bakterii Bakterie zostały po raz pierwszy zauważone w 1686 roku przez przyrodnika i przedsiębiorcę Antoniego van Leeuwenhoeka, który obserwował je używając własnoręcznie wykonanego jednoobiektywowego mikroskopu. Nazwał je „animalcules” („żyjątka”) i opublikował w serii listów do Royal Society.

Nazwa „bakterie” ⟨od gr. baktērion (βακτηριον) ‘pałeczka’⟩ została wprowadzona znacznie później – w 1838 r. – przez Christiana Gottfrieda Ehrenberga.

Odkrycie patogenności bakterii Louis Pasteur w 1859 wykazał, że proces fermentacji jest spowodowany przez wzrost mikroorganizmów, między innymi bakterii (oprócz nich za proces są odpowiedzialne drożdże i pleśnie, które nie są bakteriami, a grzybami). Wraz z Robertem Kochem Pasteur od samego początku był zwolennikiem teorii wywoływania chorób przez bakterie. Robert Koch był pionierem w zakresie mikrobiologii medycznej. Pracował nad cholerą, gruźlicą i wąglikiem.