litera grecka określa położenie grupy aminowej przy danym atomie węgla w łańcuchu głównym kwasu karboksylowego. W α-aminokwasach obie te grupy funkcyjne znajdują się przy tym samym atomie węgla (α). polarności łańcucha bocznego, w przypadku standardowych aminokwasów: z niepolarnym łańcuchem bocznym (glicyna, alanina, walina, leucyna, izoleucyna, metionina, prolina, fenyloalanina, tryptofan) z polarnym łańcuchem bocznym, ale nie posiadające formalnego ładunku (seryna, treonina, asparagina, glutamina, tyrozyna, cysteina) z polarnym łańcuchem bocznym posiadające ładunek formalny w fizjologicznym zakresie pH: z ładunkiem dodatnim (lizyna, arginina, histydyna) z ładunkiem ujemnym (kwas asparaginowy, kwas glutaminowy).
Aminokwasy naturalne thumb|Modele enancjomerów alaniny: L-alanina (po lewej) D-alanina (po prawej). Czarny – węgiel, niebieski – azot, czerwony – tlen, biały – wodór W skład białek wszystkich organizmów żywych wchodzi głównie 20 aminokwasów, będących α-aminokwasami zawierającymi asymetryczny atom węgla o konfiguracji L (poza achiralną glicyną), a także niewielkie ilości wielu innych, w większości będących pochodnymi aminokwasów podstawowych.