Wraz z Gouverneurem Morrisem i Jamesem Madisonem, Hamilton zażądał zwołania specjalnej sesji Kongresu, podczas której chciał ustalić republikańską formę rządów.
Ponieważ istniała uzasadniona obawa, że stan Nowy Jork nie ratyfikuje Konstytucji, Alexander Hamilton (pod pseudonimem „Publius”), do spółki z Jamesem Madisonem i Johnem Jayem napisali obszerny komentarz do Konstytucji, zatytułowany „Federalista” (ang. The Federalist Papers). Przez lata istniał spór co do autorstwa fragmentów „Federalisty”. Badania z XX wieku przypisały bezsprzeczne autorstwo 5 spośród 85 artykułów Jayowi. Hamilton miał napisać około 40 artykułów, natomiast Madison niewiele mniej; kilka komentarzy napisali wspólnie. Wszystkie komentarze były pisane pod pseudonimami i dopiero w 1792 roku ujawniono tożsamości autorów. Niemniej, komentarze te walnie przyczyniły się do ratyfikacji Konstytucji przez stan Nowy Jork 26 lipca 1788 roku.
Antagonizmy pomiędzy Jeffersonem i Hamiltonem uwidoczniły się w konflikcie dotyczącym Towarzystwa Cyncynatów, którego celem była m.in. opieka nad rodzinami poległych żołnierzy. Członkostwo w grupie było dostępne tylko dla uczestników wojny, jednak statut pozwalał na dziedziczenie tytułu, co Jefferson oraz Benjamin Franklin uznawali za zagrożenie dla republiki.