Wkład do badań nad językiem Należał obok Baudouina de Courtenay do głównych przedstawicieli kazańskiej szkoły lingwistycznej. Miał swój udział m.in. w stworzeniu koncepcji fonemu jako jednostki różnicującej znaczeniaJacek Fisiak: Wstęp do współczesnych teorii lingwistycznych. Warszawa: Wydawnictwa Szkolne i Pedagogiczne, 1978, s. 22-23..
Myśl naukową Mikołaja Kruszewskiego usiłował rozpowszechniać w gronie międzynarodowym Baudouin de Courtenay. Podczas posiedzenia Towarzystwa Językoznawczego w Paryżu w 1881 r. przedstawił dwie rozprawy Kruszewskiego. Wtedy właśnie uczestniczący w zjeździe szwajcarski językoznawca, uważany za twórcę strukturalizmu w językoznawstwie, Ferdinand de Saussure zetknął się z tezami polskich uczonych, które następnie przejął i rozwinął.
Dopiero w ostatnich czasach znaczenie prac Mikołaja Kruszewskiego zostało należycie przedstawione przez Romana Jakobsona w Wyborze pism M.