W tym okresie dział posługiwał się marką Sonic Team, wydawał jednak także gry spoza serii o Sonicu, takie jak Nights into Dreams (1996) i Burning Rangers (1998).
Po premierze Sonic Adventure w 1998 roku część pracowników przeniosła się do Stanów Zjednoczonych i utworzyła oddział Sonic Team USA, odpowiedzialny za Sonic Adventure 2 (2001). W ramach wydzielania studiów Segi w osobne spółki dział R&D nr 8 przekształcono w 2000 roku w przedsiębiorstwo SONICTEAM Ltd., którego prezesem został Naka, a Sonic Team USA – spółką zależną. Trudności finansowe Segi doprowadziły na początku XXI wieku do kolejnych zmian organizacyjnych: w 2003 roku Sonic Team wchłonął studio United Game Artists, a w 2004 roku Sonic Team USA przemianowano na Sega Studios USA.
Po przejęciu Segi przez Sammy Corporation w 2004 roku Sonic Team ponownie włączono w struktury przedsiębiorstwa jako dział badawczo-rozwojowy GE1. Naka odszedł z Segi w trakcie prac nad grą Sonic the Hedgehog (2006), a w 2008 roku Sega Studios USA połączono z Sonic Teamem. Gry o Sonicu wydane w kolejnej dekadzie spotykały się z niejednolitym przyjęciem krytyki;