Selekcji pozytywnej poddawane są limfocyty podwójnie dodatnie (CD4+ CD8+) o prawidłowo już wykształconym receptorze TCR. selekcja negatywna, inaczej delecja klonalna – prowadzi do usunięcia komórek, które rozpoznają własne antygeny MHC klasy I ze zwiększonym powinowactwem, co mogłoby skutkować uznaniem komórek własnego organizmu za obce. 80% tymocytów ginie w wyniku selekcji negatywnej. restrykcja MHC – w przebiegu selekcji pozytywnej dochodzi jednocześnie do restrykcji MHC, w przebiegu której limfocyty mające rozpoznawać MHC klasy I zachowują ekspresję CD8, a mające rozpoznawać MHC klasy II zachowają ekspresję CD4.
Limfocyty Treg są komórkami, które przeszły selekcję negatywną mimo zwiększenia powinowactwa do własnych antygenów.
Krążenie thumb|Rozmieszczenie głównych węzłów i naczyń chłonnych Dziewicze limfocyty T opuszczając grasicę krwią przedostają się do węzłów chłonnych. Następnie limfocyty T posiadające na swojej powierzchni selektynę L oraz receptor CCR7 wnikają żyłkami z wysokim śródbłonkiem do strefy przykorowej węzła i oczekują na prezentację antygenów przez komórkę prezentującą antygen (APC). Kiedy limfocyty prawidłowo rozpoznają antygen dochodzi do powstania na ich powierzchni cząsteczek CD69, które blokują receptor S1P1, co umożliwia chwilowe zatrzymanie limfocytów w węźle chłonnym.