Poza etapami różnicowania komórki wyróżnia się następujące fazy dojrzewania: ekspresja genów dla RAG1 i RAG2 rearanżacja genów VDJ dla łańcuchów Igα i Igβ receptora BCR rearanżacja genów VDJ dla łańcucha ciężkiego μHC receptora BCR wyłączenie alleliczne – następuje przerwanie procesu rearanżacji genów VDJ na skutek zahamowania ekspresji RAG1 i RAG2 selekcja pozytywna – następuje sprawdzenie, czy doszło do prawidłowej rearanżacji genów kodujących pre-BCR i łańcuch ciężki μHC. Jeżeli doszło do nieprawidłowego wykształcenia łańcucha μHC, komórka ulega apoptozie. selekcja negatywna – dochodzi do apoptozy limfocytów które rozpoznały antygeny własnego organizmu jako obce proliferacja limfocytów.
Limfocyt pre-pro-B Komórka ta posiada czynnik transkrypcyjny Pax5 oraz rozpoczyna się ekspresję genów RAG1, RAG2 oraz transferazy nukleotydów końcowych (TdT). Na powierzchni limfocytów pre-pro-B obecne są również cząsteczki CD10 i CD34.