Członek prezydium Tymczasowej Rady Krajowej Patriotycznego Ruchu Odrodzenia Narodowego w 1982„Dziennik Polski”, r. XXXVIII, nr 223 (11 807), 20 grudnia 1982, s. 2, następnie RK PRON„Trybuna Robotnicza”, nr 109 (12 961), 10 maja 1983, s. 6.
Sprawował wysokie funkcje partyjne. Od 1973 zasiadał w Centralnym Komitecie SD, od 1976 do 1989 zaś w prezydium CK. W okresie 1981–1985 był przewodniczącym Centralnego Komitetu SD – w wewnątrzpartyjnym głosowaniu w 1985 nie uzyskał reelekcji na to stanowiskoJanusz Herz, Widziane z trzeciego planu..., s. 75. Dwukrotnie sprawował mandat posła na Sejm PRL V i IX kadencji (1969–1972, 1985–1989). W IX kadencji był wiceprzewodniczącym Komisji Nauki i Postępu Technicznego.
Edward Kowalczyk nie kandydował w wyborach w 1989. Wycofał się z aktywnej polityki – sporadycznie wypowiadał się w sprawach wewnątrzpartyjnych (np. w 1990 na temat kierunku, w którym powinno zmierzać Stronnictwo w nowej sytuacji politycznejSonda, „Tygodnik Demokratyczny”, nr 8 z 25 lutego 1990, s. 4). Po rozstaniu ze Stronnictwem Demokratycznym współpracował ze Stanisławem Tymińskim i Andrzejem Lepperem jako doradca politycznyWaldemar Żebrowski, Stronnictwo Demokratyczne w warunkach demokratyzacji ustroju politycznego, Wyd. Olsztyńska Szkoła Wyższa, Olsztyn 2003, s. 87.