Przyroda Ponieważ nie przeprowadzano tu systematycznych wyrębów, rezerwat jest interesujący ze względu na swoją florę. Znajduje się tu jedno z trzech większych skupisk pomników przyrody w Puszczy Białowieskiej poza Białowieskim Parkiem Narodowym. Jest ich tu w sumie około trzydziestu, a są to przede wszystkim dęby (ok. dwudziestu), ponadto: sosna, grab, jesion, klon i świerk.
Północno-wschodnią część rezerwatu stanowi las mieszany reprezentujący zespół grądu miodownikowego Melitti-CarpinetumRezerwat Szczekotowo Strona Internetowa Urzędu Gminy Hajnówka. Drzewostan tworzy tu grab i dąb, z domieszką świerka i dorodnej sosny. W podszycie występuje leszczyna, trzmielina brodawkowata i gatunki wchodzące w skład drzewostanu: grab, świerk, lipa. W runie spotyka się gatunki chronione: wawrzynek wilczełyko i gnieźnik leśny.
W środkowej części rezerwatu występują lasy liściaste reprezentujące zespół grądu Tilio-Carpinetum. W kwartałach 214 C–B oraz 214 D–F występuje wiele dorodnych dębów i świerków o charakterze pomnikowym.
Duże powierzchnie w zachodniej części rezerwatu zajmują młodniki brzozowe i brzozowo-osikowe powstałe w miejscu zrębów zupełnych.