Flora Łęg olszowy występuje głównie w części źródliskowej rezerwatu, rzadziej w części środkowej. W tej części spotyka się też zbiorowiska turzycy prosowej. Największą powierzchnię w rezerwacie zajmuje bór mieszany torfowcowy. Na drzewostan składa się świerk z domieszką brzozy omszonej i olszy. Wstępują też nieduże płaty boru świerkowego torfowcowego z drzewostanem świerkowym i niewielką tylko domieszką brzozy omszonej i olszy czarnej. Na stokach wyniesień wokół doliny rośnie trzcinnikowo-świerkowy bór mieszany z dorodnym drzewostanem sosnowo-świerkowym i domieszką brzozy brodawkowatej, zaś na wierzchowinie wzniesień – bory sosnowe z przewagą młodych drzew ze sztucznego odnowienia zrębów.
W runie występują: gatunki borowe: borówka czarna, borówka brusznica, gruszyczka jednostronna gatunków lasów liściastych: gajowiec żółty, gwiazdnica gajowa, prosownica rozpierzchła
Warstwa mchów jest bogata i dobrze wykształcona. Tworzy się na głębokich (2–4 m) torfach, w miejscach, gdzie jego powierzchnia jest wyniesiona 15–30 cm nad poziom wody gruntowej.