Niektóre starsze typy fregat rakietowych mają więcej dział artylerii głównej - do 4. Część starszych fregat modernizowanych do poziomu fregat rakietowych, ma jedynie uzbrojenie artyleryjskie i pociski przeciwokrętowe lub przeciwlotnicze bliskiego zasięgu.
Fregaty mają jedną – czasem dwie – wyrzutnie przeciwlotniczych kierowanych pocisków rakietowych, najczęściej bliskiego zasięgu (m.in.: amerykańskie zestawy Sea Sparrow, brytyjskie Sea Cat i Sea Wolf, rosyjskie Osa-M). Stosowane są wyrzutnie jednoprowadnicowe lub częściej wieloprowadnicowe (z kilkoma pociskami na wyrzutni). Od lat 90. XX wieku wykorzystywane są także wyrzutnie pionowe, w kadłubie (VLS). Używane są również rakiety średniego zasięgu (np. amerykański Standard SM).
Najczęściej stosowane kierowane pociski przeciwokrętowe (woda-woda) to amerykańskie Harpoon i francuskie Exocet, w liczbie 4–8. Większość fregat rakietowych ma w wieży tylko jedno działo uniwersalne kaliber 76 mm – 127 mm. Najpowszechniej stosowana jest armata automatyczna OTO Melara kaliber 76 mm. Fregaty mają też jedno lub więcej działek przeciwlotniczych. Na części nowoczesnych okrętów są to wielolufowe zestawy obrony bezpośredniej – przeciwlotniczej i przeciwrakietowej – takie jak: Phalanx, Goalkeeper, AK-630.