Od listopada 1955 do kwietnia 1956 okręt był remontowany, a od stycznia do czerwca 1957 przeszedł niewielką modernizację. Od października 1959 do maja 1964 przeszedł gruntowną przebudowę w Devonport. Podczas niej, otrzymał szerszy pokład, ze sponsonem wystającym poza lewą burtę, z odchylonym w lewo pod kątem 8,5° pasem do lądowania. Otrzymał też nowe mocniejsze katapulty parowe. Przebudowano nadbudówkę i zmodernizowano wyposażenie elektroniczne. Usunięto dziobowe wieże dział 114 mm (pozostało dalej 8 dział na rufie) oraz działka 40 mm. W zamian zainstalowano 6 wyrzutni rakiet plot bliskiego zasięgu Sea Cat na sponsonach na burtach.
thumb|Buccaneer po wylądowaniu na „Eagle” Od listopada 1966 do kwietnia 1967 przeszedł kolejną niewielką modernizację w Devonport, po czym następną od października 1968 do marca 1969. Podczas ostatniej, przystosowano katapulty i aerofiniszery do myśliwców F-4 Phantom, które jednak nie bazowały na „Eagle”.
Początkowo grupa lotnicza „Eagle” obejmowała maksymalnie 53 samoloty i śmigłowce, od 1953 roku było to 45-47, od końca lat 60. – 41 maszyn.