Prolog Przed wiekami bogowie zesłali na ziemię Szmaragdy Chaosu. Szmaragdy te są źródłem potężnej i nieskończonej mocy. Jednak potężna moc jest również zaczątkiem chaosu i nieporządku. Rozzłoszczeni bogowie z powodu nadużywania szmaragdów stworzyli Główny Szmaragd, którego moc umożliwiała neutralizację pozostałych. Ten szmaragd otrzymał też swojego obrońcę, Chaosa, Boga Destrukcji. Mówi się, iż plemię kolczatek rozzłościło Chaosa próbując skraść Szmaragdy Chaosu, przez co zostało zniszczone w jedną noc, a Chaos zniknął na zawsze.
Doktor Eggman dowiedziawszy się o legendarnym Chaosie odnajduje Główny Szmaragd i niszczy go uwalniając w ten sposób samego Boga Destrukcji, aby wykorzystać jego nieograniczoną moc do przejęcia kontroli nad światem. Jednak wraz z Chaosem w szmaragdzie ukrywa się Tikal należąca niegdyś do starożytnego plemienia kolczatek, które zginęło przed wiekami. To ona zamknęła siebie i Chaosa w Głównym Szmaragdzie, chcąc w ten sposób zapobiec kolejnemu nieszczęściu. Dlatego też po jego uwolnieniu wyrusza w poszukiwaniu Sonica aby uniknąć kolejnej katastrofy.
Sonic the Hedgehog W Station Square główny bohater przypadkowo zaobserwował walkę obronną policji z Chaosem, wodnym potworem.