Kovač postanowił pozostać w klubie na sezon 2006/2007 i awansował z nim do Serie A.
Latem 2007 Robert wrócił do Niemiec i na zasadzie wolnego transferu trafił do Borussii Dortmund. Natomiast zimowym oknie transferowym 2009 przeniósł się do chorwackiego Dinama Zagrzeb.
2 czerwca 2010 Kovač zakończył aktywną karierę piłkarskąFocus.de, Robert Kovac beendet Karriere..
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1995/96 1. FC Nürnberg Regionalliga 33 1 1996/97 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 13 0 1997/98 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 25 0 1998/99 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 31 0 1999/00 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 27 1 2000/01 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 30 0 2001/02 Bayern Monachium Bundesliga 29 0 2002/03 Bayern Monachium Bundesliga 24 0 2003/04 Bayern Monachium Bundesliga 19 0 2004/05 Bayern Monachium Bundesliga 22 0 2005/06 Juventus F.C. Serie A 18 1 2006/07 Juventus F.C. Serie B 17 0 2007/08 Borussia Dortmund Bundesliga 22 0 2008/09 Borussia Dortmund Bundesliga 4 0 2008/09 Dinamo Zagrzeb Prva HNL 9 0 Łącznie w Bundeslidze 276 2 Łącznie w Serie A 18 1 Łącznie w Prva HNL 9 0