Bacciarelli pozostał w Polsce również po abdykacji króla (1795). W 1812 przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 2, s. 15.. Angażował się w działalność publiczną i społeczną. W latach 1807–1818 był członkiem rzeczywistym Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół NaukAleksander Kraushar, Towarzystwo Warszawskie Przyjaciół Nauk 1800-1832. Monografia historyczna osnuta na źródłach archiwalnych. Ks. 4. Czasy polistopadowe. Epilog: 1831-1836, 1906, s. 479.. W latach 1816–1818 był profesorem malarstwa oraz pierwszym dziekanem Oddziału Nauk i Sztuk Pięknych przy Królewskim Uniwersytecie Warszawskim. Bacciarelli pełnił funkcję dziekana honorowego wydziału i jego zadaniem był jedynie merytoryczny nadzór nad jego organizacją oraz ogólnym kształtem. Wraz ze Stanisławem Staszicem, Janem Wincentym Bandtkie, Wojciechem Szweykowskim oraz innymi zasiadał także w Radzie ogólnej tego Uniwersytetu. Uznawany jest za prekursora i współtwórcę narodowej szkoły malarstwa polskiego razem z Janem Piotrem Norblinem. Jego pedagogiczna działalność przyczyniła się w istotny sposób do popularyzacji oraz rozwoju polskiego malarstwa w Rzeczypospolitej końca XVIII i początku XIX wieku.