Po wojnie powrócił do pracy naukowej, najpierw w SGGW w Warszawie, a po obronie pracy doktorskiej w 1950 roku został kierownikiem i organizatorem Katedry Gleboznawstwa w nowo powstałej Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie. Prowadził badania głównie z zakresu gleb hydrogenicznych i siedlisk leśnych, m.in. dotyczące kartografii i klasyfikacji gleb, erozji i ochrony gleby.
Działalność w okresie wojennym Od początku II wojny światowej Hjalmar Uggla działał w ruchu oporu. Najpierw w szeregach Związku Walki Zbrojnej, a następnie Armii Krajowej. Należał do 32. plutonu ośrodka „Mielizna” pod pseudonimem „Sowa” jako sanitariusz w stopniu starszego strzelca. Brał czynny udział w akcjach sabotażowych oraz przejmowaniu zrzutów lotniczych. Wykorzystując dokumenty o swoim szwedzkim pochodzeniu oraz biegłą znajomość języka niemieckiego wielokrotnie interweniował u władz okupacyjnych w sprawie uwolnienia zatrzymanych członków ruchu oporu i innych osób. W tym celu udawał się nawet do siedziby Gestapo przy al. Szucha.