Nową świątynię zbudowano w latach 1901–1902 w stylu neogotyckim. Konsekracja miała miejsce 3 lipca 1905 roku.
Z oblężenia Elbląga kościół św. Wojciecha wyszedł praktycznie nieuszkodzony. Jednakże zostały ostrzelane niektóre witraże oraz zostało splądrowane wnętrze świątyni przez żołnierzy radzieckich, którzy od końca marca do połowy kwietnia wpadali do kościoła i dokonywali spustoszeń oraz dewastacji świątyni. Pierwszą mszę po zdobyciu Elbląga odprawiono 25 kwietnia 1945 roku. Ponieważ dzwony zostały skonfiskowane w czasie działań wojennych, ówczesny administrator świątyni - ksiądz Hilary Pracz-Praczyński zadecydował o zdjęciu dwóch zachowanych dzwonów z wieży kościoła Trzech Króli w Elblągu.
Obecnie jest to najważniejsza świątynia dekanatu Elbląg Północ.
Opis kościoła Kościół wzniesiony został jako trójnawowa hala z niewielkim prezbiterium, o sklepieniach krzyżowych wspartych na kamiennych kolumnach, z wysoką wieżą od strony zachodniej. W kościele znajdują się trzy ołtarze, neogotycka ambona, 14 obrazów stacji krzyżowej oraz zabytkowe witraże z postaciami świętych. Większość wyposażenia pochodzi w początku XX wieku.