Wkrótce potem podpisał pięcioletni kontrakt z Fluminense FC. W jego barwach zadebiutował 15 marca w wygranym 3:1 pojedynku z Macaé Esporte Futebol Clube, w którym strzelił dwa gole. Z klubem z Rio de Janeiro dotarł do finału Copa Sudamericana 2009, w którym Fluminense uległo ekwadorskiemu LDU Quito. W 2010 roku Fred zdobył z Fluminense mistrzostwo Brazylii. W tym sezonie Fred z powodu kontuzji wystąpił tylko w 14 spotkaniach, w których strzelił 5 bramek. Sezon 2011 Fred zakończył z Fluminense na trzecim miejscu w lidze. Indywidualnie Fred z 22 bramkami na koncie został wicekrólem strzelców. 9 czerwca 2016 roku Fred został zawodnikiem Atlético Mineiro, podpisał kontrakt obowiązujący do końca 2018 roku. W sezonie 2017 zdobył z klubem mistrzostwo stanu Minas Gerais, a także został królem strzelców tych rozgrywek. Rozegrał w lidze brazylijskiej 343 spotkania, w których strzelił 158 bramek.