Jagiellonia uplasowała się na drugim miejscu w tabeli i wywalczyła awans do Ekstraklasy.

28 lipca 2007 roku Nawotczyński po ponad dwóch i pół roku zagrał ponownie w Ekstraklasie. Wystąpił wówczas w wygranym przez jego drużynę spotkaniu z Polonią Bytom. Nawotczyński nadal miał pewne miejsce w podstawowym składzie, jednak jego gra nie była już tak dobra jak na zapleczu Ekstraklasy. Opuścił zaledwie cztery spotkania, a w 25 grał przez pełne 90 minut. Jego drużyna uplasowała się na czternastym miejscu tabeli, mając przewagę jednego punktu nad strefą spadkową.

Korona Kielce 15 lipca 2008 roku Nawotczyński został wystawiony przez klub na listę transferową i wkrótce na zasadzie półrocznego wypożyczenia stał się zawodnikiem Korony Kielce. Zadebiutował w niej 7 września w wygranym 1:0 pojedynku ze Zniczem Pruszków. Dość szybko stał się mocnym punktem kieleckiej defensywy. 18 października w spotkaniu z Flotą Świnoujście strzelił swojego pierwszego gola dla Złocisto-krwistych. Mecz zakończył się zwycięstwem Korony 2:0. Jesienią Nawotczyński był jednym z najlepszych zawodników Korony. Spowodowało to, że zarząd klubu wykupił go za 400 tys. zł z Jagiellonii.