Autonomiczny charakter ekonomiki transportu wynika z faktu, że wyczerpującego zestawu reguł gospodarowania w transporcie nie formułuje ani makroekonomia, ani mikroekonomia, wobec czego musi istnieć dyscyplina grupująca wiedzę o wszystkich aspektach ekonomicznych tego sektora, posługująca się metodami adekwatnymi do charakteru zagadnień transportowych. Podstawowa odmienność i specyfika ekonomiki transportu w stosunku do pozostałej wiedzy ekonomicznej widoczna jest w koncentrowaniu wysiłku poznawczego na wymiarze przestrzennym działalności gospodarczej i na ustalaniu efektywności oraz sprawności środków pokonywania przestrzeni.
Istnieje szereg nie rozstrzygniętych kwestii pojęciowych i klasyfikacyjnych ekonomiki transportu. O ile stosunkowo jasne są relacje między tą dyscypliną a jeszcze bardziej szczegółowymi jej modułami wiedzy gałęziowej (ekonomiką transportu kolejowego, samochodowego, lotniczego, morskiego), o tyle nie wypracowano powszechnie przyjętych jej relacji z teorią zarządzania, logistyką i polityką gospodarczą. To, iż transport stanowi przedmiot badań i analiz różnych dyscyplin naukowych nie stanowi przesłanki do agregacji wiedzy o nim w jedną dyscyplinę, którą bezskutecznie próbowano nazwać nauką o transporcie.