Dawid korzystał z sułtańskiej emerytury niecałe dwa lata. W marcu 1463 roku jego dawny przyjaciel Jerzy Amirutzes doniósł władzom, że były cesarz otrzymał list od swojej bratanicy. Żona Uzun Hasana proponowała, aby jej brat Aleksy bądź jeden z synów Dawida przybył, aby ją odwiedzić. Mehmed Zdobywca uznał to za zdradę. 1 listopada został ścięty z rozkazu Mehmeda II razem z bratem, siedmioma synami i bratankiem Aleksym (synem Jana IV Komnena) w więzieniu Siedmiu Wież w Konstantynopolu. Jego najmłodszy syn - Jerzy jako jedyny został oszczędzony ze względu na swój młody wiek, potem uciekł do Gruzji. Maria Gattilusio, wdowa po starszym bracie Dawida – Aleksandrze – dołączyła do haremu sułtana, podobnie stało się z córką Dawida – Anną, która jednak później została żoną generała Zagana Paszy. Syn Marii – Aleksy – również został oszczędzony i stał się jednym z sułtańskich gońców. Owdowiała cesarzowa Helena Kantakuzena początkowo zamieszkała w jednej ze swoich willi, ale potem została ukarana przez sułtana za pochowanie swojego męża i synów, których ciała zostały zostawione na pożarcie psom, i resztę życia spędziła w skrajnej biedzie.