do Egiptu przybył Scypion Emilianus przysłany przez rzymski senat w związku ze skargami na Ptolemeusza. W 132 p.n.e. wybuchła wojna domowa między nim a Kleopatrą II, w wyniku której Ptolemeusz i Kleopatra III uciekli na Cypr. Tam Ptolemeusz kazał zamordować swego syna Ptolemeusza Memfitesa i wysłać zwłoki do matki do Aleksandrii. W 130 p.n.e. odzyskał Egipt z wyjątkiem Aleksandrii, którą zajął 3 lata później, krwawo mszcząc się na jej mieszkańcach za popieranie Kleopatry II.
Ptolemeusz VIII rozwinął bardzo ożywioną działalność budowlaną, był również filologiem, napisał krytyki dzieł Homera. Przez historyków uważany jest za jednego z najinteligentniejszych, ale i zarazem najbardziej brutalnych polityków czasów hellenistycznych.
Lata panowania 170–163 p.n.e. – wspólnie z Ptolemeuszem VI i Kleopatrą II 163–145 p.n.e. – samodzielnie nad Cyrenajką 145–142 p.n.e. – wspólnie z Kleopatrą II 142–131 p.n.e. – dodatkowo z Kleopatrą III 131–127 p.n.e. – na wygnaniu 127–124 p.n.e. – wspólnie z Kleopatrą III 124–116 p.n.e. – dodatkowo z Kleopatrą II
Tytulatura gr. - basileus Ptolemaios VI Theos Philometor - król Ptolemeusz Bóg Miłujący Matkę egip.