Piotr Kołodziejczyk (13 lutego 1986 – 26 grudnia 1989)
III Rzeczpospolita dowódcy Marynarki Wojennej adm. Romuald Waga (26 grudnia 1989 – 28 lutego 1996) adm. floty Ryszard Łukasik (28 lutego 1996 – 1 października 2003) adm. floty Roman Krzyżelewski (1 października 2003 – 11 listopada 2007) adm. floty Andrzej Karweta (11 listopada 2007 – 10 kwietnia 2010) p.o. wiceadm. Waldemar Głuszko (10 kwietnia 2010 – 25 czerwca 2010) adm. floty Tomasz Mathea (25 czerwca 2010 – 31 grudnia 2013)
Inspektorzy Marynarki Wojennej wiceadm. Ryszard Demczuk (1 stycznia 2014 - 31 października 2014) wiceadm. Marian Ambroziak (1 listopada 2014 - 4 marca 2016) kontradm. Mirosław Mordel (7 marca 2016 - 19 czerwca 2018) wiceadm. Jarosław Ziemiański (19 czerwca 2018 - nadal)