W 1990 Sztab Główny został pozbawiony przymiotnika "główny", a Zarząd Wychowawczy (powstały z Zarządu Politycznego) rozwiązany. Kolejna reorganizacja miała miejsce w połowie 1994, kiedy to w ramach DMW utworzono nowe piony podległe szefowi Szkolenia (poprzednio zastępca dowódcy ds. liniowych) oraz szefowi Logistyki (poprzednio zastępca dowódcy ds. techniki i zaopatrzenia). Rozwiązano także niezależne szefostwa rodzajów wojsk, a ich kompetencje podzielono pomiędzy Sztab, Szkolenie i Logistykę. Od 2000 te 3 piony są zorganizowane w zreformowany szereg zarządów (szefostw), oddziałów i wydziałów, których powstanie związane było z dostosowaniem DMW do struktur NATO. W 2002 z wydzielonych komórek Sztabu oraz Logistyki utworzono Centrum Operacji Morskich – Dowództwo Komponentu Morskiego (COM-DKM), jednostkę wojskową dowodzenia taktycznego. W 2008 zlikwidowano Pion Logistyki w związku z powstaniem Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych.