Bioremediacja naturalna powinna być monitorowana poprzez badanie potencjału redox gleby, jej pH, temperatury, zawartości tlenu, zawartości dwutlenku węgla, a także śledzenie rozmieszczenia zanieczyszczeń, migracji skażenia oraz tempa przyrostu i aktywności mikroflory w czasie. Bioremediacja inżynieryjna Bioremediacja inżynieryjna to zabiegi mające na celu usunięcie zanieczyszczenia ze środowiska przez mikroorganizmy, a czasami przez rośliny. Może odbywać się ex situ lub in situ. Bioremediacja inżynieryjna ex situ Technologie ex situ stosowane do oczyszczania zanieczyszczeń ciekłych prowadzi się w bioreaktorach i filtrach zraszanych, do oczyszczania emisji gazowych - w biofiltrach i biopłuczkach, a do usuwania odpadów stałych stosuje się kompostowanie i przeorywanie.
Bioremediacja inżynieryjna in situ Do technologii in situ należą: biostymulacja – przeprowadzenie modyfikacji środowiskowej np. dostarczenie pożywek dla mikroorganizmów lub napowietrzanie terenu poddawanego bioremediacji, bioaugmentacja – wprowadzenie dodatkowych mikroorganizmów tzw.