Po zdobyciu przez Turków w 1471 roku otrzymała nazwę Gözleve (Gezlev). Po 1485 część Chanatu Krymskiego. Po przyłączeniu Krymu do Rosji w 1783 r. miasto otrzymało dzisiejszą nazwę Eupatoria. W 1855 w trakcie wojny krymskiej w okolicach miasta doszło do bitwy, w której połączone siły turecko-francusko-brytyjskie odniosły zwycięstwo nad wojskami rosyjskimi.
Od 1954 roku w Ukraińskiej SRR, od 1991 roku – w niepodległej Ukrainie na terenie Autonomicznej Republiki Krym, w której językiem autonomii jest język rosyjski.
W mieście dnia 24 grudnia 2008 roku doszło do wybuchu gazu w którym zginęło 27 osób, a 21 zostało rannych.
W 2010 roku został wybudowany kościół katolicki pw. św. Marcina.
W 2014 anektowana przez Rosję.
Demografia Skład narodowościowy miasta w latach 1897 i 2001 na podstawie danych ze spisów powszechnych Imperium Rosyjskiego i Ukrainy:
Zabytki Pozostałości starożytnego greckiego miasta Stara baszta miejska Meczet Piątkowy – Dżuma-Dżami z 1552 Łaźnia Turecka z XVI w. (w ruinie) Kienesy w Eupatorii Cerkiew ormiańska z 1830 r. Szkoła karaimska z 1895 r. Cerkiew grecka pw. św. Eliasza Sobór św. Mikołaja z 1898 r. Teatr z 1910 r. Synagoga z 1912 r.