Jego kierownikiem do 18 września 1939 był geograf i meteorolog oraz działacz turystyczny Władysław Midowicz, który ewakuując się na Węgry po agresji ZSRR na Polskę, zabrał ze sobą, zgodnie z instrukcją, najcenniejsze elementy wyposażenia obserwatorium. 19 września obserwatorium zajęły wojska sowieckie, a w grudniu tegoż roku oficjalnie przejął je w imieniu nauki radzieckiej profesor Aleksander Orłow, astronom. Od połowy 1940 funkcjonowała tu stacja meteorologiczna, w której od 10 września 1940 Sowieci prowadzili stałe obserwacje meteorologiczne. Od wiosny 1941 do czasu ataku Niemiec na ZSRR kierownikiem obiektu był Mychajło Karpowicz Korostarenko (1910–1988).
W czerwcu 1941 budynek zajęli Węgrzy, umieszczając w nim swoją placówkę graniczną. Po opuszczeniu przez nich budynku (zapewne jeszcze przed zimą tegoż roku) wyposażenie obiektu zostało rozszabrowane przez miejscową ludność. W marcu 1942 na Pop Iwana dotarł Kurt Walter, komisarz do spraw obserwatoriów astronomicznych w Generalnym Gubernatorstwie. Na jego wniosek zdemontowano i wywieziono z obserwatorium pozostałe jeszcze w nim części astrografu, a sam obiekt pozostawiono swojemu losowi.