Po tym zdarzeniu leczył się przez dłuższy czas w Lecznicy Ministerstwa Zdrowia przy ulicy Emilii Plater w Warszawie. Specjaliści uznawali, że leczenie przynosi pozytywne skutki, a skutki wylewu cofają się. Zawieyski odzyskał mowę, wychodził na spacery po korytarzu. Stanisław Trębaczkiewicz relacjonował, że jednak bardzo cierpi psychicznie z powodu zaników pamięciLudwik Stomma: Order dla Zawieyskiego, „Polityka” nr 45/2007, 10 listopada 2007. [dostęp 2020-09-24].. Zginął, wypadając z okna trzeciego piętra szpitala. Oficjalna wersja uznała jego śmierć za samobójstwo, lecz liczne poszlaki wskazują, że mogło być to morderstwo polityczne (defenestracja)Dariusz Baliszewski: Upadek z wysokości, „Wprost” nr 26/2005 (1178), 3 lipca 2005. [dostęp 2020-09-24].. Najprawdopodobniej jednak było to albo samobójstwo, albo nieszczęśliwy wypadekPatryk Pleskot: Samobójstwo, wypadek, a może morderstwo? Wokół śmierci Jerzego Zawieyskiego (1969 rok), „Pamięć i Sprawiedliwość“, 24, 2014, 2, s. 147 .. Został pochowany na cmentarzu leśnym w Laskach.