Monaster prowadził również szkoły, kształcące nastawników, psalmistów i ikonografów.
Pustelnia Wygowska została zlikwidowana w czasie kampanii represji wobec staroobrzędowców za panowania Mikołaja I.
Autorytet Pustelni Wygowskiej wśród bezpopowców nie zapobiegł dalszym podziałom tego ruchu. W ostatniej dekadzie XVII w. swoją działalność rozpoczął Fieodosij Wasiljew, który dał początek nurtowi fiedosiejewców. Jego zwolennicy żyli przede wszystkim na ziemi nowogrodzkiej i pskowskiej. W XVIII w. mnich Filip dał początek nurtowi filiponów. Obok wymienionych, najbardziej liczebnych grup, powstał szereg mniejszych.
Kary za przynależność do wspólnot staroobrzędowych zniosła caryca Katarzyna II.
XIX w. O ile Aleksander I prowadził wobec bezpopowców (i wszystkich staroobrzędowców) politykę względnej tolerancji, jego następca Mikołaj I uznał ich za niebezpiecznych dla państwa i poddał represjom. Pod ich wpływem część z nich zgodziła się przejść do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego z prawem zachowania tradycyjnych obrzędów (jednowiercy). W XIX w. doszło do dalszych podziałów wśród bezpopowców.
Od 1883 wszyscy rosyjscy staroobrzędowcy mogli wykonywać dowolne zawody (w tym pracować w administracji kraju) i wznosić świątynie. Nadal zabraniano im jednak działalności ukierunkowanej na pozyskanie nowych wyznawców.