W 1989 i 1991 był wysyłany z misjami zagranicznymi jako negocjator. Po 1993 ponownie wycofał się z polityki. Nie na długo, wkrótce bowiem zaangażował się w prace konserwatywnych ośrodków badawczych – był jednym z sygnatariuszy listu Project for the New American Century do prezydenta Billa Clintona (1998). Ponownie wciągnął się w wir bieżącej polityki, zostając członkiem zespołu doradców kandydata na prezydenta, George’a Walkera Busha.

Zastępca sekretarza stanu 26 marca 2001 został 13. zastępcą sekretarza stanu, Colina Powella. Dymisję z urzędu złożył 16 listopada 2004, dzień po takim samym kroku swojego zwierzchnika. Funkcję sprawował jeszcze do 22 lutego 2005, kiedy urząd objął Robert Zoellick. Pomimo propozycji, nie objął żadnego innego stanowiska politycznego. W 2006 został członkiem zarządu koncernu naftowego ConocoPhillips.

Pomimo swojego wykształcenia i wojennej przeszłości (a może właśnie dlatego), wraz z Collinem Powellem tworzył trzon „stronnictwa gołębi” – przeciwników siłowego rozwiązania problemu Iraku.