W 1916 rozpoczął przymusową służbę wojskową w armii austriackiej, gdzie z racji biegłej znajomości sześciu języków obcych pełnił funkcję tłumacza.
Kariera zawodowa Od 1919, po zwolnieniu z armii kontynuował studia na wydziale teologicznym na Uniwersytecie Wrocławskim, będąc już członkiem Polskiej Organizacji Wojskowej Górnego Śląska. Przydzielony do obszaru Powiatowego Komisariatu Plebiscytowego na Powiat i Miasto Katowice, gdzie wypełnianie służbowych obowiązków oznaczało niejednokrotne narażenie życia, objął powierzone mu przez Wojciecha Korfantego stanowisko sekretarza i zastępcy Komisarza Plebiscytowego, a niedługo potem Głównego Komisarza Plebiscytowego na Powiat i Miasto Katowice Polskiego Komisariatu Plebiscytowego. left|thumb|200px|Legitymacja Komisarza Plebiscytowego Jana Koja z podpisem Wojciecha Korfantego Będąc zaufanym działaczem, miał jako jeden z nielicznych prawo wstępu do biura francuskiego kontrolera wojskowego o każdej porze. 18 sierpnia 1920 wsławił się osobistą obroną siedziby kierowanej przez siebie placówki przed bojówką niemiecką.