Gdy zbudowano Mur Berliński, pociągi przejeżdżały przez stację bez zatrzymania. Część wejść, mimo że leżały na terytorium NRD, znajdowała się po jego zachodniej stronie, ale pozostawały one zamknięte.
Po zjednoczeniu Berlina zaczęto budowę dworca w ciągu nowego tunelu kolei dalekobieżnej, realizowanego wraz z nowym kompleksem biurowo-mieszkalno-rozrywkowym i mającego z nim podziemne połączenie. Dworzec zaprojektowały biura architektoniczne Hilmer & Sattler i Modersohn & Freiesleben, zaś położone dalej na wschód dotychczas niezrealizowane dodatkowe pawilony wejściowe – Oswald Mathias Ungers. Przy okazji zbudowano poprzecznie położony dworzec planowanej linii metra, która jednak nie będzie w najbliższym czasie realizowana.
Stacje metra Obecnie na Potsdamer Platz znajduje się tylko jedna czynna stacja metra, jednak łącznie zbudowano trzy stacje. Pierwsza z nich została zamknięta i częściowo wyburzona po pięciu latach użytkowania, druga jest od prawie stu lat (choć z 31-letnią przerwą) w użytku, zaś trzecia zapewne nie zostanie nigdy uruchomiona.