Rewanże 22 sierpnia 2006 Maccabi Hajfa 1 – 1 Liverpool F.C. SL Benfica 4 – 0 Austria Wiedeń Valencia CF 3 – 0 Red Bull Salzburg FK Crvena zvezda 1 – 2 A.C. Milan CA Osasuna 1 – 1 Hamburger SV
23 sierpnia 2006 Spartak Moskwa 2 – 1 Slovan Liberec KP Legia Warszawa 2 – 3 Szachtar Donieck Arsenal F.C. 2 – 1 Dinamo Zagrzeb Chievo Werona 2 – 2 Lewski Sofia AEK Ateny 3 – 0 Heart of Midlothian MFK Ružomberok 0 – 1 CSKA Moskwa FK Mladá Boleslav 1 – 1 Galatasaray SK Steaua Bukareszt 2 – 1 Standard Liège AFC Ajax 0 – 2 FC København Fenerbahçe SK 2 – 2 Dynamo Kijów Rabotnicki Skopje 0 – 1 Lille OSC
Faza grupowa W fazie grupowej zmierzą się ze sobą zwycięzcy spotkań III rundy kwalifikacyjnej oraz 16 zespołów, które zakwalifikowały się do fazy grupowej dzięki pozycjom zajętym w rozgrywkach ligowych. Losowanie grup odbyło się 24 sierpnia 2006 roku w Monako.